Την κατάληψη του νησιού από τους Τούρκους έκρινε η παράδοση της Αμμοχώστου το 1571. Λίγο αργότερα, αποστολή Ελλήνων Κυπρίων στην Κωνσταντινούπολη πετυχαίνει την επανασύνδεση της αυτοκέφαλης εκκλησίας της Κύπρου με το Πατριαρχείο από το οποίο είχε αποκοπεί το 1260.
Η εκκλησία είναι υπεύθυνη για την είσπραξη του φόρου υποτελείας των χριστιανών και την απόδοσή του στους Τούρκους. Μετά το 1660, η Πύλη την αναγνωρίζει ως τον μοναδικό εκπρόσωπο των υποδούλων. Γύρω της θα περιστραφεί ο συλλογικός βίος των Κυπρίων ως το τέλος της Τουρκοκρατίας.
Η έκρηξη της επανάστασης στην ηπειρωτική Ελλάδα έδωσε την αφορμή στον αιμοδιψή διοικητή Κουτσούκ Μεχμέτ να εκτελέσει 486 άτομα, ανάμεσά τους τον αρχιεπίσκοπο Κυπριανό και άλλους αρχιερείς. Αν και ο ελληνισμός της Κύπρου δοκιμάστηκε τη δεκαετία του 1820, η εκκλησία συνέχισε να απολαμβάνει τα παλαιά της προνόμια. Το 1839 δημοσιεύτηκε ο Χάττι Σερίφ του Γκιουλχανέ, χάρτης μεταρρυθμίσεων στην Οθωμανική Αυτοκρατορία που έμελλαν να αποτύχουν. Ύστερα από πίεση των Μεγάλων Δυνάμεων, το Χάττι Χουμαγιούν το 1856 ήταν η δεύτερη απόπειρα μεταρρυθμίσεων, με πενιχρά όμως αποτελέσματα. Τα τελευταία χρόνια της Τουρκοκρατίας, από το 1830 και μετά, οι προσπάθειες για την ανόρθωση της ελληνικής παιδείας είναι συνεχείς και ο κυπριακός ελληνισμός σημειώνει δημογραφική άνοδο. Σε αγγλική απογραφή του 1881, οι Έλληνες είναι 137.631 και οι Τούρκοι μόλις 45.458. Στο τέλος του Ρωσοτουρκικού πολέμου, η Αγγλία με αντάλλαγμα την υπόσχεση βοήθειας πείθει την Τουρκία να της παραχωρήσει την Κύπρο. Η συμφωνία υπογράφηκε τον Ιούνιο του 1878. Σχεδόν ένα μήνα αργότερα φθάνει στο νησί ο πρώτος Άγγλος κυβερνήτης.
Κατά τη διάρκεια του πρώτου Παγκοσμίου πολέμου η Τουρκία ετάχθη στο πλευρό της Γερμανίας κι εναντίον της Αγγλίας. Ως εκ του γεγονότος αυτού η Αγγλία κήρυξε, στις 5.11.1914, ως άκυρη την αγγλοτουρκική συμφωνία του 1878 βάσει της οποίας είχε καταλάβει την Κύπρο, και προσάρτησε το νησί στη βρετανική επικράτεια.
Την εξέλιξη αυτή οι Κύπριοι την είδαν ως θετική, όπως δε ανέφερε κι ο τότε αρχιεπίσκοπος Κύπρου Κύριλλος Β’ σε επιστολή του προς τον Άγγλο αρμοστή σερ Χάμιλτον Γκουλντ Άνταμς, η πολιτική αυτή μεταβολή σήμαινε την οριστική απαλλαγή της Κύπρου από την τουρκική κυριαρχία. Δεν παρέλειψε, βέβαια, να τονίσει ότι θεωρούσε ως προσωρινό το νέο καθεστώς, κι ως σταθμό προς το τέρμα που θα έπρεπε να ήταν η ένωση της Κύπρου με την Ελλάδα.
