1. Αλιάκμονας
Με μήκος 297 χλμ. είναι ο μεγαλύτερος σε μήκος ποταμός στη χώρα. Πηγάζει από τα βουνά Γράμμο και Βόιο και εκβάλλει στο Θερμαϊκό κόλπο μεταξύ Θεσσαλονίκης και Κατερίνης, όπου σχηματίζεται Δέλτα 40.000 στρεμμάτων. Κατά το πέρασμά του διασχίζει τους νομούς Πιερίας, Καστοριάς, Γρεβενών, Κοζάνης και Ημαθίας. Τα νερά του ποταμού εμπλουτίζονται από πολλούς παραποτάμους, όπως τον Βενέτικο και τον Στραβοπόταμο. Φιλοξενεί πολλά είδη ψαριών, βιολογικής κυρίως σημασίας, τα περισσότερα εκ των οποίων είναι αυτόχθονα, με χαρακτηριστικότερο το μαυροτσιρώνι που είναι ενδημικό. Ακόμη, ο ποταμός παρέχει καταφύγιο σε 215 είδη ενδημικών και μεταναστευτικών πουλιών, 27 εκ των οποίων ανήκουν στα προστατευόμενα είδη.
2. Αχελώος
Γνωστός και ως Ασπροπόταμος, ο Αχελώος με μήκος 220 χλμ. πηγάζει από το όρος Λάκμος (Περιστέρι) στην Οροσειρά της Πίνδου και εκβάλει στο Ιόνιο Πέλαγος. Στο πέρασμά του διέρχεται από το νομό Τρικάλων, τα όρια των νομών Άρτας- Καρδίτσας και Ευρυτανίας- Αιτωλοακαρνανίας. Στην πορεία του εμπλουτίζεται με τα νερά σημαντικών παραποτάμων, όπως του Αγραφιώτη, του Ταυρωπού και του Τρικεριώτη, ενώ θεωρείται μάλιστα ο πλουσιότερος σε νερά ποταμός της Ελλάδας! Καθοριστικά γεγονότα για την περιοχή είναι ότι στα μέσα του 20ου αιώνα δημιουργήθηκαν τρία φράγματα, με σκοπό την παραγωγή ηλεκτρικής ενέργειας. Το Φράγμα των Κρεμαστών, ένα από τα μεγαλύτερα φράγματα της Ευρώπης, το οποίο και οδήγησε μετέπειτα στη δημιουργία της μεγαλύτερης τεχνητής λίμνης της Ελλάδας, της Λίμνης των Κρεμαστών, το φράγμα Καστρακίου, το οποίο δημιούργησε τη Λίμνη Καστρακίου και τέλος το φράγμα του Στράτου, το οποίο δημιούργησε την τεχνητή Λίμνη Στράτου.
3. Πηνειός
Ο Πηνειός ή και Σαλαβριάς έχει μήκος 205 χλμ. Πηγάζει από την Πίνδο και εκβάλλει στο Αιγαίο Πέλαγος διερχόμενος από την κοιλάδα των Τεμπών. Κατά την πορεία του εμπλουτίζεται από πολλούς παραποτάμους, όπως ο Τιταρήσιος, ο Ενιπέας (Θεσσαλικός), ο Καλέτζης και ο Ληθαίος. Ο ποταμός είναι υψίστης σημασίας για τη Θεσσαλία, αφού καλύπτει τις ανάγκες για πόσιμο νερό, αλλά και απασχολεί πολλούς από τους κατοίκους της κυρίως σε γεωργικές δραστηριότητες. Επίσης, αποτελεί σημαντικό πέρασα αποδημητικών πουλιών, αφού έχουν καταγραφεί περισσότερα από 200 είδη. Παρόλα αυτά, η επίδραση των παραγωγικών δραστηριοτήτων των περιοχών που συναντά στο πέρασμά του σε συνδυασμό με τη μείωση της παροχής του κατά τους θερινούς μήνες επιφέρουν αρνητικές επιπτώσεις στην ποιότητα του νερού. Το 2005 μάλιστα ο Πηνειός χαρακτηρίστηκε ως ο δεύτερος πιο μολυσμένος ποταμός σε ολόκληρη την Ευρώπη.
4. Έβρος
Έβρος ή Μαρίτσα με συνολικό μήκος περίπου 530 χλμ.! Αποτελεί φυσικό σύνορο μεταξύ της Ελλάδας με τη Βουλγαρία και την Τουρκία και είναι ο κυριότερος ποταμός της Βαλκανικής Χερσονήσου, αλλά και ο δεύτερος σε μέγεθος ποταμός της ΝΑ Ευρώπης μετά το Δούναβη. Στον Ελλαδικό χώρο βρίσκονται τα 204 χλμ. του, γι’ αυτό και αποτελεί τον 4ο σε μήκος ποταμό της χώρας. Πηγάζει από την οροσειρά Ρίλα στη Βουλγαρία και διασχίζοντας το νομό Έβρου εκβάλλει στο Θρακικό Πέλαγος κοντά στην Αλεξανδρούπολη. Σε όλο το μήκος του εμπλουτίζεται από διάφορους παραποτάμους με κυριότερους τους Τόνζο, Εργίνη, Άρδα και Ερυθροπόταμο. Το Εθνικό Πάρκο Δέλτα Έβρου, που σχηματίζεται στις εκβολές του ποταμού Έβρου και αποτελεί τον σημαντικότερο υδροβιότοπο της Ελλάδας, συγκαταλέγεται στους εξαιρετικής σημασίας βιοτόπους της Ευρώπης με περισσότερα από 300 είδη καταγεγραμμένων φυτών.
5. Νέστος
Με συνολικό μήκος 243 χλμ. εκ των οποίων τα 130 χλμ. βρίσκονται σε Ελληνικό έδαφος, πηγάζει από τα όρη Ρίλα της Βουλγαρίας και αφού διασχίσει τους ορεινούς όγκους της Δυτικής Ροδόπης και το όρος Φαλακρό στο νομό Δράμας, εκβάλλει στο Βόρειο Αιγαίο. Ο υδροβιότοπος που σχηματίζεται στο Δέλτα του ποταμού, έκτασης 550.000 στρεμμάτων, είναι διεθνούς σημασίας και προστατεύεται από την συνθήκη Ραμσάρ αποτελώντας καταφύγιο για τεράστιο αριθμό πουλιών, αλλά και διάφορων άλλων ζώων.
6. Στρυμόνας
Είναι ποταμός της Βαλκανικής Χερσονήσου και έχει συνολικό μήκος 392 χλμ., εκ των οποίων τα 118 χλμ. βρίσκονται σε Ελληνικό έδαφος. Πηγάζει από το όρος Βίτοσα νοτιοδυτικά της Σόφιας, διασχίζει αποκλειστικά το νομό Σερρών και εκβάλλει στο Αιγαίο Πέλαγος κοντά στην Αμφίπολη. Κυριότερος παραπόταμός του είναι ο Αγγίτης. Ο Στρυμόνας θεωρείται από τις πλουσιότερες περιοχές από άποψη βιοποικιλότητας με πάνω από 1300 καταγεγραμμένη είδη φυτών. Μάλιστα, μαζί με τη λίμνη Κερκίνη, συγκαταλέγονται στις σημαντικότερες περιοχές για την ορνιθοπανίδα, με πολλά από τα είδη που συναντώνται να αποτελούν προστατευόμενα είδη. Οι εκβολές του ποταμού εντάσσονται στο δίκτυο προστατευόμενων περιοχών Natura 2000.
