Kατονομάστηκε ως ύποπτη σε έρευνα για απάτη και φερόμενη ευνοϊκή μεταχείριση σε πρόγραμμα εκπαίδευσης διπλωματών που χρηματοδοτείται από την Ευρωπαϊκή Ένωση.
Οι εισαγγελικές αρχές υποψιάζονται ότι, την περίοδο 2021–2022, το Κολλέγιο της Ευρώπης και η ευρωπαϊκή διπλωματική υπηρεσία μπορεί να συνεργάστηκαν προκειμένου να κατευθύνουν παρατύπως κοινοτικά κονδύλια προς το συγκεκριμένο έργο, μεταξύ άλλων φέροντας να παρέχουν στο Κολλέγιο εκ των προτέρων γνώση για τον διαγωνισμό. Ο διαγωνισμός είχε τυπικά ανοίξει σε πανεπιστήμια σε ολόκληρη την Ευρώπη.
Παρά το βάρος των υποψιών, η Μογκερίνι παραμένει τεκμηρίως αθώα όσο η έρευνα βρίσκεται σε εξέλιξη. Σε δήλωσή της μετά την αποφυλάκισή της ανέφερε: «Έχω πλήρη εμπιστοσύνη στο σύστημα δικαιοσύνης και εμπιστεύομαι ότι η ορθότητα των ενεργειών του Κολλεγίου θα διαπιστωθεί», προσθέτοντας ότι θα προσφέρει «πλήρη συνεργασία προς τις αρχές».
